A Divisão Laboratorial deste Instituto monitoriza a qualidade da água constantemente das piscinas públicas geridas pelo Governo, bem como piscinas privadas abertas ao público, nomeadamente, dos hotéis e das habitações. Segundo os itens da monitorização da qualidade da água conforme as ​"Orientações de higiene nas piscinas artificiais"​ dos Serviços de Saúde, recolhe periodicamente amostras de água que são sujeitas a análises bioquímicas segundo padrões internacionais, a fim de conhecer o estado sanitário geral da água das piscinas, assegurando a saúde dos banhistas.
        Para além da análise da qualidade da água, a Divisão Laboratorial efectua inspecções aos recintos das piscinas quando necessário, a fim de conhecer a gestão diária das instalações relativas à qualidade da água e assegurar que a qualidade da água satisfaz os requisitos básicos de higiene.
 
Monitorização da qualidade da água das piscinas
O Laboratório recolhe periodicamente amostras de água nas piscinas, de forma aleatória e, após realizar testes in loco, essas amostras são transportadas, com a maior brevidade possível, ao Laboratório, para serem sujeitas a análises laboratoriais.
 
Etapas de fiscalização:
  1. Recolha de amostras e realização de testes in loco
    • Recolha de amostras de água das piscinas.
    • Testes in loco
  2. Análise laboratorial
    • Análise microbiológica: Filtragem e inoculação das amostras,  cultura de bactérias e leitura dos resultados.
  3. Recolha de informação e divulgação de resultados
    • Processamento e verificação dos dados
    • Elaboração de relatório
    • Publicação dos resultados da qualidade da água das piscinas públicas no website