A Divisão Laboratorial (O Laboratório) deste Instituto é uma divisão directamente dependente do conselho de administração em matéria de fiscalização de água para consumo humano, água das piscinas e das praias, inspecção dos géneros alimentícios, apoiando este Instituto na realização de análises relacionadas com a segurança alimentar.
Na Divisão Laboratorial configura equipamentos e instalações modernas para análise, entre os quais se destacam a cromatografia líquida associado a espectrometria de massa em tandem (LC/MS/MS), cromatografia líquida associado a espectrometria de massa acoplado a plasma indutivo (LC/ICP/MS), cromatografia líquida acoplado ao espectrometria de massa, cromatografia líquida em alto desempenho (HPLC), cromatógrafia gasosa acoplado a espectrometria de massa (GC/MS), cromatógrafia iónica (IC), espectrómetro de radiação gama de germânio hiperpuro, sistema de análise imuno diagnóstico (VIDAS), sistema automatizado de identificação microbiana (VITEK), sistema automatizada para análise dos indicadores de qualidade alimentar (TEMPO), instrumentos de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), sistema de sequenciamento (MiSeq), etc..
Para além de estar a ampliar o âmbito do seu serviço, a Divisão Laboratorial esforça-se por aumentar a qualidade da sua inspecção, elevando a capacidade técnica dos seus agentes e adquirindo constantemente equipamentos científicos modernos, para acompanhar as necessidades, com o objectivo de aumentar e de solidificar a qualidade da inspecção e de proporcionar, com imparcialidade e uma atitude científica rigorosa, serviços de inspecção profissional, com funcionários fiéis e pontuais, a fim de salvaguardar a segurança da água e dos alimentos para consumo público.
Em 2003, a Divisão Laboratorial deste Instituto obteve o certificado ISO/IEC 17025 de reconhecimento laboratorial. Mesmo assim, continua a melhorar constantemente o nível técnico das suas inspecções e análises, assegurando que essa capacidade esteja conforme as normas internacionais, e garantindo tecnicamente serviços de inspecção e análise de qualidade. Simultaneamente, adicionou itens de inspecção e de análise da água e dos alimentos, para obter reconhecimento e com o intuito de aumentar a sua capacidade. A manutenção do reconhecimento da habilitação laboratorial solidifica o sistema de gestão do Laboratório. Além disso, aperfeiçoa constantemente o nível qualitativo da fiscalização da sua gestão interna, capacidade técnica e de serviço.
Para garantir a fiabilidade e precisão dos resultados das inspecções e análises, a Divisão Laboratorial deste Instituto criou um regime rigoroso de gestão, realizando uma série de medidas de controlo da qualidade, nomeadamente planos anuais de exame da capacidade, organizados por peritos chineses e estrangeiros, nos quais obteve notas excelentes, confirmando que possui uma capacidade de inspecção e de análise dentro das normas estipuladas.