自二零零一年爆發登革熱開始，市政署與衛生當局合作於澳門及離島區進行衛生黑點的清理工作，由於絕大部分衛生黑點皆位於空置私人地段或空置樓宇等私人地方，本署收到相關衛生黑點的訊息後，會轉介衛生局當區之衛生監督，評估衛生情況是否對週邊環境之公共衛生構成威脅，若被衛生監督確認後，將要求有關之業權人或土地擁有人，於通告張貼日起至指定期限內務必作出相關清理工作。倘若有關衛生情況未有改善，該局將致函要求市政署協助，本署會儘量配合開展有關之改善工作。此外，除人力加強清理衛生黑點工作外，本署更聯同衛生部門舉辦一系列預防登革熱宣傳和滅蚊活動，以喚醒居民注重其居住環境及附近的衛生情況，提高市民預防登革熱的意識。

  市政署是擔當一個配合及執行協助清理衛生黑點的角色，倘若在執行上遇到阻礙及困難，本署與衛生當局、相關業權人士進行協商，予以調解各方在衍生及影響環境衛生、技術方面等問題，以維護公共衛生及環境清潔，從而保障市民的生活質素。